Początków działalności Stowarzyszenia należy szukać w końcu lat 70-tych ubiegłego wieku, kiedy to Pan Henryk Wiechetek rozpoczynał pracę w Lokomotywowni PKP Siedlce w randze naczelnika, a ponieważ jego energia i zaangażowanie w przeróżne działania wychodziły daleko poza zwykłe wykonywanie obowiązków służbowych kolejarza, również i historia Dzieci Zamojszczyzny nie mogła pozostać mu obojętna. Tym bardziej, że w Lokomotywowni pracowało wiele osób, które zostały ocalone właśnie przez kolejarzy z hitlerowskich transportów kierowanych do obozów zagłady. Przeszłość Pana Henryka okazała się spójna z doświadczeniami Dzieci Zamojszczyzny. Jako dziecko sam doświadczył wielu cierpień w okresie II wojny światowej.
Lokomotywownia w Siedlcach była doskonałym gruntem do wielu działań społecznych i patriotycznych.
W kwietniu 1983r. na hali głównej lokomotywowni w 40-tą rocznicę ratowania Dzieci Zamojszczyzny zostały odsłonięte pamiątkowe tablice. Na uroczystości obecni byli kolejarze, uratowane Dzieci Zamojszczyzny, a także mieszkańcy Siedlec, którzy dali opiekę i schronienie wysiedleńcom z Zamojszczyzny. I właśnie wówczas pojawiła się inicjatywa wybudowania „żywego” pomnika dla dzieci skrzywdzonych współcześnie. Pomnika, który byłby hołdem dla ratujących i ratowanych, pomnika o znaczeniu Pamięci Narodowej i Pojednania Polsko – Niemieckiego.
10 maja 1983r. odbyło się pierwsze posiedzenie Społecznego Komitetu Budowy Domu Dziecka – Pomnika im. Dzieci Zamojszczyzny w Siedlcach, podczas którego zostały nakreślone ramy pracy na najbliże lata. Przede wszystkim ustawienie skarbonek na najważniejszych dworcach kolejowych w Polsce oraz prowadzenie kampanii informacyjnej w formie spektaklu pt. „Ocalić od zapomnienia”, a także działania formalno - prawne związane z uzyskaniem pozwoleń na budowę i pozyskaniem terenu. Przewodniczącym został inicjator Pan Henryk Wiechetek, a Sekretarzem Pani Maria Mitura – kierownik kadr Lokomotywowni Siedlce i jak okazało się później główni realizatorzy idei.
Zwieńczeniem tego okresu była uroczystość w kwietniu 1989r. z wmurowaniem aktu erekcyjnego pod budowę ośrodka.
Początek lat 90-tch okazał się okresem bardzo trudnym dla realizacji idei. Dewaluacja pieniądza, rosnąca inflacja spowodowała iż zebrane środki wystarczyły jedynie na pokrycie kosztów wykonania projektów budowlanych. Ale ten czas okazał się również przełomowy ze względu na nawiązanie szerokich kontaktów z organizacjami niemieckimi – Parytetowym Związkiem Socjalnym Dolnej Sakonii, Stowarzyszeniem Porozumienie Niemiecko – Polskie z Salzgitter oraz Fundacją Współpracy Polsko – Niemieckiej, co w rezultacie doprowadziło do częstych spotkań w Siedlcach. Spotkania te miały szczególnie podniosły charakter. Odbywały się w duchu wzajemnego porozumienia i pojednania - wspólne składanie kwiatów, zapalanie zniczy na siedleckich mogiłach Dzieci Zamojszczyzny oraz zapewnienia o współpracy. To właśnie w tym szczególnym okresie informacje o tragedii Dzieci Zamojszczyzny rozpowszechnione zostały w Niemczech. Nieoceniona jest rola przyjaciół z Niemiec - Pana Winfrieda Harendzy, Pana Krzysztofa Balona i Pana Ludwika Wyszkowskiego.
W 1994r. Społeczny Komitet został przekształcony w Stowarzyszenie Domu Dziecka – Pomnika im. Dzieci Zamojszczyzny w Siedlcach, co umożliwiło pozyskanie dotacji od organizacji niemieckich i w konsekwencji urzeczywistnienie idei.
W 1998r. odbył się II Zjazd uratowanych Dzieci Zamojszczyzny oraz otwarcie Centrum Pomnika Dzieci Zamojszczyzny w Siedlcach. W uroczystościach uczestniczyli posłowie Bundestagu m.in. Wilhelm Schmidt, Radca Ministra Pracy i Polityki Społecznej Pan Krzysztof Więckiewicz. W roku następnym pierwsze dzieci znalazły w nowowybudowanym obiekcie, z 30 mieszkaniami rodzinnymi, schronienie.
Pierwsza dekada nowego wieku to już funkcjonowanie placówki i związane z tym działania. Powstanie Izby Pamięci Dzieci Zamojszczyzny z eksponatami m.in. pamiątkowymi tablicami uratowanymi z likwidowanej Lokomotywowni Siedlce. Ciągła praca pedagogiczno – wychowawcza z dziećmi i powołanie w tym celu placówki wsparcia dziennego – świetlicy środowiskowej oraz punktu przedszkolnego. Skuteczne zabiegi o wpisanie Stowarzyszenia na listę organizacji pożytku publicznego. Również działalność informacyjna i współpraca z organizacjami niemieckimi, kolejowymi zakładami pracy, Związkiem Pracodawców Kolejowych oraz środowiskiem Dzieci Zamojszczyzny z całego kraju, a szczególnie Zamościa, Skierbieszowa i Biłgoraja. Wspólne spotkania ze studentami i młodzieżą gimnazjalną, wspólne inicjatywy – sadzenie drzewek pokoju, odsłonięcie tablic w Siedlcach, Łosicach i Mordach upamiętniających bohaterstwo ludności ratującej Dzieci Zamojszczyzny.
W Międzynarodowym Dniu Dziecka 2008r. nastąpiło uroczyste otwarcie parku zabaw i rekreacji z dziecięcą kolejką jeżdżącą z udziałem przedstawicieli Sejmu RP oraz Ambasady Niemiec.
Początek czwartej dekady działalności Stowarzyszenia to troska o utrzymanie funkcjonowania i rozbudowę placówki, pozyskiwanie sponsorów, darczyńców i prowadzenie kampanii dla odpisu 1%.
23 listopada 2012r. w Sali Kongresowej w Warszawie staraniem Związku Pracodawców Kolejowych, podczas gali Święta Kolejarza, został wyemitowany film o działalności Stowarzyszenia. Kilka dni później w przeddzień obchodów 70-tej rocznicy pacyfikacji Zamojszczyzny zmarł Prezes Henryk Wiechetek, pozostawiając po sobie niewiarygodny dorobek swojej pracy społecznej, a także słowa, które można było usłyszeć po raz ostatni z jego ust w Sali Kongresowej – „tego pociągu miłości nie da się zatrzymać”…
Obecnie głównymi działaniami Stowarzyszenia jest pomoc mieszkaniowa, organizowanie imprez dla dzieci (choinki noworoczne, festyny), kolonii letnich oraz obchodów ratowania Dzieci Zamojszczyzny.